注意1：氮、磷、钾总含量超过8%时与菌混合，会抑制菌的活性。如果氮、磷、钾总养分大于8%，建议随用随混。目前，有些厂家的复合微生物菌肥中的氮、磷、钾总养分达到10%以上，有的甚至达到25%以上，这对于一般的菌种来说，都会造成菌活性降低甚至造成部分死亡。但如果厂家选用的是耐化肥的菌种，就可以保证菌肥肥效。

注意2：不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及稻草灰混合用。因为这些药、肥，很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥混肥。

注意3：对于已多年施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减少化肥和有机肥的施用量，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代化肥不能一下子适应。因此，其取代量应做到**、**、第三年分别取代30%、40%和60%，磷、钾肥只能补足，不能减少。

注意4：在施用方法上，建议采用沟施、窝施的方式，一定要将菌肥盖在土壤里，避免阳光直射，紫外线会杀死细菌；此外，不建议冲施微生物菌肥，因为加水稀释后菌群会被冲散，影响施用后的效果。对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果会好些。

注意5：高温过高、过低、干旱条件下的农作物田块不建议施用微生物菌肥。

注意6：选择微生物菌肥一定要根据作物进行选择。例如，针对大田作物，如水稻、玉米、小麦等，建议选择复合微生物肥料。因为复合微生物肥料中既包含了菌、又包含氮、磷、钾养分，以及有机质，使用起来更方便；在单独使用氮肥、磷肥或钾肥的地块，可以配合施用微生物菌剂，起到促生长、抗病抗虫等作用；针对瓜果蔬菜，建议使用生物有机肥，改善瓜果蔬菜的口感和品质。