中国是农业大国，也是世界上最大的化肥进口国、氮肥生产国和肥料使用国。肥料，特别是化学肥料对保障人类粮食安全起到了不可替代的作用。据IFA统计，目前氮肥工业养活了世界上40%的人口。化学肥料为作物提供了所需的矿物质营养。大量研究数据表明，作物产量对肥料的依赖程度超过50%。 
作物的营养物质是矿物质，提升作物产量还是要依靠化学肥料。在土壤肥力比较低的情况下，单施化肥能够快速提供作物生长所必需的养分。施用肥料可以实现作物增产，但由于作物产量与肥料施用量之间的关系呈抛物线形，当施肥量达到一定水平后，作物产量会随施肥量增加而减少。目前肥料的很多负面效应是用肥过量造成的，如今化学肥料带来的负面效应正通过更科学合理的施肥方法解决。 
正是在这样的背景下，微生物肥料被寄予厚望，发展微生物肥被认为是未来农业可持续发展的重要支撑。 
但是微生物肥料在满足农业产量和可持续发展上，目前看来还存在三大短板。一是土壤类型、质地、pH、肥力和水分等条件都会影响施入土壤微生物肥料中微生物的生长发育，肥效受到影响，完全使用微生物肥料为作物生长提供充足养分还有难度。 
二是据资料显示，目前生物肥料在每亩的投入要高于化肥约5%～10%。另外生物肥料需要额外进行配肥等其他工序和前期的技术不熟练而导致的损耗，额外的支出是很多的。 
三是目前微生物肥料产品有效菌含量低、杂菌超标，或者加入化肥或其它添加剂的量不合适，使肥料中化肥的氮、磷、钾含量过高导致有效菌死亡，导致应用效果不稳定，完全施用微生物肥料，很难保障作物产量。 
乙方：生物肥足以担纲未来 
有观点认为，微生物肥料所能提供的肥效不能满足作物生长对营养物质的需求。其实不然，微生物肥料分类产品中的复合微生物肥料是以功能微生物为主体，以优质有机肥为基质，辅以营养物质（氮磷钾等）制成，平衡肥料的速效与长效供给需求，可以达到化肥速效、有机肥长效、微生物肥料促效与转化的综合效果。 
据资料显示，功能菌、氮磷钾养分和有机质科学配比，并添加适当含量氨基酸的微生物肥料兼顾了速效养分和缓效养分，使养分逐步平缓释放，具备满足当季作物养分需求、显着抑制土壤酸化、有效调控土壤微生物区系、持久性提高土壤肥力等功能。 
田间施用效果表明，黄瓜、香蕉、茄子、番茄等作物上施用该微生物肥料，对比不施肥、施氮磷钾化肥，具有明显的增产和防控土传病害效果。由此可见微生物肥料所提供的肥效可以满足作物生长对营养物质的需求，还在产量表现上不俗。据数据显示，与传统肥料相比，生物肥料通过调控土壤微生物区系能够让作物增产20%，可减少20%的化肥与农药。 
与国外相比，中国的微生物肥料产业品种种类多、应用范围广，尤其是在研制开发及应用生物有机肥、复合微生物肥料等微生物肥料方面，位居国际前列。但在技术创新和产品质量等方面仍需继续努力。 
今后应加大对微生物肥料产业的科研投入，针对不同区域气候特点、宿主植物、促生菌种类和土壤状况等因素，科学合理设计功能菌、有机质、无机养分配比，使研发出的微生物肥料田间效果达到最佳，进一步加强产学研的相互结合，扩大推广应用范围，发挥其在农业可持续发展、农产品质量安全、节本增效和节能减排等方面的综合效应，解决过分依赖化肥投入维持高产的现状，提高养分资源高效利用，提升农田地力和保护生态环境。