生物肥料是以有机质为基础，配以菌剂和无机肥混合而成。为提高生物肥料的利用率，可以从以下六个方面着手。
一、全面了解生物肥料的基本资料，如生产日期、保质期、施用量、施用方法等。如果不是现买现用，则要按照说明进行贮存，注意避光、通风和干燥。
二、了解生物肥料中微生物的主要作用，适用作物等。如根瘤菌肥料适用于豆科作物，作为结瘤、固氮的接种剂；磷细菌肥料可把土壤中难溶性磷转化为有效磷和无机磷等。
三、掌握施用时间和施用技术。可以用“早、近、匀”三字来概括，即施用时间要赶早，一般作为基肥、种肥和苗肥来施用；施肥时与作物根系的距离要近；种子和苗肥需拌匀。
四、与有机肥同时施用，以提高肥料效果。
五、施肥后立刻覆土，以免被太阳直射，其中的微生物被杀死，降低其利用率。
六、不宜与化肥、杀菌剂类农药混用，这样会抑制生物肥料中的微生物生长，从而影响肥效。